Un arrêt de travail pour une maladie de longue durée est une épreuve qui soulève de nombreuses inquiétudes, notamment sur le plan financier. La perspective d’une baisse de revenus s’ajoute au stress lié à la santé. En effet, les indemnités versées par la Sécurité sociale couvrent seulement une partie de votre rémunération habituelle. Cependant, il existe des dispositifs complémentaires qui permettent, dans de nombreux cas, d’assurer le maintien intégral de votre salaire. Que vous soyez salarié du secteur privé ou agent de la fonction publique, ces solutions dépendent de votre statut, de votre convention collective et des garanties souscrites par votre employeur.
Arrêt maladie longue durée : quel est le rôle de la Sécurité sociale ?
Lorsque votre médecin vous prescrit un arrêt de travail, le premier acteur à intervenir est l’Assurance Maladie. Après un délai de carence de 3 jours, elle vous verse des Indemnités Journalières de la Sécurité Sociale (IJSS). Le montant de ces indemnités est calculé pour compenser une partie de votre perte de salaire, mais il est plafonné.
En règle générale, les IJSS correspondent à 50 % de votre salaire journalier de base. Si ce montant constitue le socle de votre revenu durant l’arrêt maladie, il est insuffisant pour garantir un maintien complet de votre rémunération. C’est pourquoi d’autres mécanismes viennent compléter ce premier versement.
Comment fonctionne le maintien de salaire par l’employeur ?
Pour compléter les versements de la Sécurité sociale, la loi impose à votre employeur de maintenir une partie de votre salaire. Cette obligation légale dépend directement de votre ancienneté au sein de l’entreprise. Votre convention collective joue ici un rôle majeur, car elle peut prévoir des conditions plus avantageuses que le minimum légal.
Grâce à ce dispositif, un salarié peut généralement percevoir jusqu’à 90 % de son salaire brut pendant une première période d’indemnisation. La durée de ce maintien de salaire varie également selon votre ancienneté et les dispositions conventionnelles. Pour connaître précisément vos droits, il est donc indispensable de vous référer à la convention collective applicable à votre secteur d’activité.
La prévoyance d’entreprise : la clé pour atteindre 100 %
Généralement, c’est le contrat de prévoyance collective souscrit par votre entreprise qui fait toute la différence pour atteindre un maintien de salaire à 100 %. Ce contrat intervient en troisième niveau, après les indemnités de la Sécurité sociale et le complément versé par l’employeur. Il prend le relais pour combler la part de salaire manquante et vous assurer de percevoir l’équivalent de votre salaire net habituel.
Les garanties et les conditions de prise en charge varient d’un contrat de prévoyance à l’autre. Pour savoir si vous êtes couvert et dans quelles conditions, la meilleure démarche est de vous rapprocher du service des ressources humaines de votre entreprise. Il pourra vous fournir les détails de votre contrat de prévoyance.
Et pour les fonctionnaires, comment ça marche ?

Le système d’indemnisation durant un arrêt maladie de longue durée est différent dans la fonction publique. Ici, le maintien du traitement est géré directement par l’administration. Les agents titulaires bénéficient de régimes spécifiques en cas de maladie grave nécessitant un arrêt prolongé. Il existe principalement deux types de congés :
- le Congé de Longue Maladie (CLM) : il permet de percevoir 100 % de son traitement pendant 1 an ;
- le Congé de Longue Durée (CLD) : accordé pour certaines pathologies spécifiques, il offre un maintien intégral du traitement pendant 3 ans.
Passé ces périodes d’indemnisation à taux plein, le traitement est ensuite réduit à 50 % pour les années suivantes de l’arrêt.
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Camille Lefebvre est experte en ressources humaines et formation, avec un regard pointu sur l’évolution des compétences en entreprise.